¿Con el régimen de permiso por puntos, también tengo que entregar el permiso de conducir para cumplir la inhibición de conducir?

Sí. Los supuestos de la determinación de la medida de la sanción accesoria se mantienen. Tras la práctica de la infracción grave o muy grave, el proceso realiza sus trámites legales, y en el caso de haber decisión condenatoria de sanción accesoria de inhibición temporaria de conducir, el conductor deberá entregar su permiso de conducción para cumplimento de la misma.